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1、將被檢材料接種于適宜培養(yǎng)基，再于固體培養(yǎng)基表面生長的菌落中，選樣欲分離菌的單個(gè)菌落，移種于另一適宜培養(yǎng)基中培養(yǎng)。因?yàn)橐粋€(gè)菌落通常由一個(gè)細(xì)菌生長繁殖所形成，故培養(yǎng)出的細(xì)菌是單一的種類，即純培養(yǎng)。
2、用特殊的培養(yǎng)環(huán)境（如厭氧、二氧化碳環(huán)境等）分離細(xì)菌。
將被檢材料接種子易感動物體內(nèi)，使病原菌在動物體內(nèi)繁殖，然后從動物體內(nèi)取材料利用離心機(jī)進(jìn)行離心分離出需要的成分后培養(yǎng)。利用某些細(xì)菌對一些理化因素有特殊抵抗力，用理化方法處理接種材料，殺死其他微生物而保存需要的細(xì)菌，再分離培養(yǎng)。
一般情況下，被檢材料用前兩種方法分離培養(yǎng)即可。如披撿材料污染嚴(yán)重，可先用后兩種方法處理，再用前兩種方法獲得純培養(yǎng)。
   離心機(jī)在分離培養(yǎng)操作中，嚴(yán)格遵守?zé)o菌操作。所有用具、培養(yǎng)基、試劑都要經(jīng)過滅菌，而且不能長時(shí)間暴露于空氣中。禁止用手接觸或用口吹已滅菌的器皿內(nèi)部。
  根據(jù)被檢材料中可能存在的病原苗的特性，選擇適當(dāng)?shù)呐囵B(yǎng)基和培養(yǎng)條件：（溫度、氣體環(huán)境等）。進(jìn)行未知菌的初次分離，最好多用幾種培養(yǎng)基，如肉湯、鮮血瓊脂、麥康克瓊脂等，每種培養(yǎng)基接種數(shù)管，分別放在普通環(huán)境和厭氧環(huán)境中培養(yǎng)。一般經(jīng)過24—78小時(shí)觀察結(jié)果，但也有一些病原菌，需要培養(yǎng)校長時(shí)間才能生長。
    被檢材料一般不需要處理，直接按種于培養(yǎng)基上。當(dāng)懷疑為有芽腦的病原苗時(shí)，可將被檢材料加生理鹽水磨碎，作成1：10乳劑（液體材料不必稀釋），置60-80℃水浴中20—30分鐘，以殺死無芽胞的雜菌，然后再接種于培養(yǎng)基中。